念珠是一種最為方便的法器，更是護身符。念佛持咒後本尊隨身幻化結界氣場，加持及護佑佩戴者，消除各種業障，既得福報，吉祥，美好。
密宗大師「蓮花生大士」也曾言菩提子念珠最好。而所指的菩提子，只有「鳳眼菩提」一類。
密宗在念誦和修持不同的本尊，不同的護法時，也需要不同的佛珠即念珠，但菩提念珠一切皆可用，不管修持念誦憤怒相，還是歡喜相，亦或者本尊還是護法，所以一串菩提子念珠在手，等同於擁有一把萬能鑰匙，打開親近本尊的那扇門。地位非常高。
迦牟尼佛在菩提樹下金剛座上，得無上正等正覺菩提果位即成佛，而當時的見證者和護法者便是菩提樹，由此可見菩提樹的無上加持，能力和氣場。
